Institut Kewarganegaraan Indonesia didirikan pada tanggal 11 Agustus 2006, satu bulan setelah disahkannya Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia pada tanggal 11 Juli 2006. Para pendirinya adalah orang-orang yang memiliki perhatian cukup panjang terhadap persoalan Kewarganegaraan dan terlibat dalam berbagai usaha menuntaskan masalah Kewarganegaraan di Indonesia sejak jaman Orde Baru hingga saat ini.
Latar belakang para pendiri pun sangat beragam, baik dari sisi suku, agama, pekerjaan dan lain-lain. Sebagian bahkan telah concern dan aktif di bidang ini sejak akhir 70-an hingga pertengahan tahun 90-an dimana pemerintah secara besar-besar memberikan kemudahan pewarganegaraan bagi kalangan yang masih dikategorikan asing saat itu.
Era reformasi telah membuka peluang untuk mengkritisi kembali sumber hukum Kewarganegaraan di Indonesia yang dinilai masih diskriminatif, yakni UU Kewarganegaraan Nomor 62 Tahun 1958. Kemudian dimulailah usaha-usaha untuk melakukan perubahan, dengan mengajukan Rancangan Undang-Undang Kewarganegaraan yang baru, yang dimulai sekitar tahun 2000.
Setelah enam tahun, perjuangan yang didukung banyak pihak tersebut akhirnya berhasil, dengan disahkannya Undang-Undang Kewarganegaraan yang baru yakni Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 pada sidang paripurna DPR RI.
Bapak Poo Murdaya dan Bapak Slamet Efendy Yusuf, dua orang yang nantinya turut serta mendirikan IKI adalah Ketua Panja dan Pansus di DPR RI kala itu. UU No. 12 Tahun 2006 ini dinilai banyak kalangan membawa banyak kemajuan, terutama dalam pemenuhan dan penjaminan hak-hak kewarganegaraan seseorang. UU ini juga sudah tidak lagi mengandung diskriminasi bagi kelompok manapun, serta memberikan jaminan perlindungan bagi perempuan dan anak-anak hasil perkawinan campur.
Dengan maksud mengawal implementasi UU tersebut di atas, maka dibentuklah Institut Kewarganegaraan Indonesia disingkat IKI dalam bentuk yayasan. Kegiatan sosialisasi UU Kewarganegaraan ke seluruh propinsi adalah kegiatan awal IKI dengan bekerja sama dengan Kementerian Hukum dan HAM serta Adminduk. Tahapan pertama ini, telah dilaksanakan sepanjang tahun 2007. Sekretariat IKI dapat dihubungi melalui telepon 0212510670.
Pada tahun 2008 hingga 2010 IKI membantu pemerintah melakukan pendataan pemukim turun temurun yang tidak memiliki dokumen, untuk diikutkan dalam program Penegasan Kewarganegaraan. Hasilnya hingga akhir tahun 2010 telah ditegaskan sebanyak 3.754 orang pemukim turun temurun tanpa dokumen sehingga sekarang mereka telah memiliki Akte Kelahiran, KTP dan KK sebagai bukti Kewarganegaraan. Dengan kepemilikan dokumen kependudukan ini, maka hak-hak sipil mereka beserta anak cucu turunannya sebagai Warga Negara Indonesia akan senantiasa terjamin.
Kerja-kerja IKI di atas, tidak lepas dari kegigihan dan kerja keras para sukarelawan di lapangan serta dukungan dari berbagai pihak yang memiliki kepedulian yang sama untuk menciptakan Indonesia yang bebas dari ketidakjelasan status Kewarganegaraan. Untuk mewujudkannya, diperlukan transformasi dan perubahan paradigma baik di sisi masyarakat maupun aparat pemerintah di bidang pelayanan publik, sehingga UU yang ada menjadi efektif dan membawa kemajuan bagi bangsa Indonesia.
IKI memiliki tiga asas yakni Kemanusiaan, Keterbukaan dan Kebersamaan berdasarkan Pancasila. Adapun maksud dan tujuan adalah, pertama, menumbuhkembangkan kesadaran warga negara Indonesia terhadap hak dan kewajiban yang diembannya dalam kehidupan kemasyarakatan, kebangsaan dan kenegaraan. Kedua, membangun karakter dan semangat kebangsaan warga negara Indonesia yang menjunjung tinggi persatuan dan kesatuan. Ketiga, menanamkan dan mengembangkan semangat kebersamaan di kalangan warga negara Indonesia. Keempat, mengembangkan potensi sumber daya warga negara Indonesia di bidang kemanusiaan, sosial budaya untuk kesejahteraan bersama. Untuk mencapai maksud dan tujuan tersebut dilaksanakan kegiatan yang mencakup bidang pendidikan, pengabdian masyarakat dan penelitian.
Institut Kewarganegaraan Indonesia (IKI) telah disahkan melalui Keputusan Menteri Hukum dan HAM Nomor C-792.HT.01.02.Th.2007 dan telah diumumkan dalam Berita Negara tanggal 5/4 – 2007 No. 28.
Kepengurusan Yayasan IKI ini telah dicatat dalam Sistem Administrasi
Badan Hukum berdasarkan Surat Direktur Jenderal Administrasi Hukum
Umum Nomor: AHU-AH.01.06-0000003, tanggal 3 Januari 2017.